COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 9.698055
2021-05-11 17:00:00 7.881539 9.658932 9.714209
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 9.888395
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 10.150484
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.285492
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.494104
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 10.698259

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.641315
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.628223
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.499676 7.419364
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.534000
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 7.742739
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 7.865530
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 8.085437

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 16.071910
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 16.104975
2021-05-10 17:00:00 11.428571 3.852327 15.667404
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 15.509476
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 16.152048
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 16.710769
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 17.215572

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 9.119336
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 9.198245
2021-05-10 17:00:00 10.325753 5.811138 9.097934
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 9.080018
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 9.131563
2021-05-07 17:00:00 12.704687 8.526256 9.245470
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.435413

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 7.976338
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.114374
2021-05-10 17:00:00 16.365845 6.208849 8.067782
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.252167
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.432719
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 8.687514
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 8.961473

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.480261
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.220133
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.503122
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.102173
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.203423
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 20.941003
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.217852

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.372625
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.564484
2021-05-10 17:00:00 6.859206 4.816656 4.654153
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 4.655799
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 4.846294
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.067713
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 5.486608

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.772272
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.794326
2021-05-10 17:00:00 9.832273 4.153560 4.854641
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 4.910243
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 4.977171
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.068941
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.126795

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 7.520414
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 7.611716
2021-05-10 17:00:00 6.082949 7.434476 7.583717
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 7.797432
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 7.946379
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.241837
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 8.544990

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 8.069798
2021-05-11 17:00:00 6.343584 6.343584 8.256076
2021-05-10 17:00:00 7.593123 3.807596 8.137962
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 8.314812
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 8.527556
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 8.780798
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.085311

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 10.652313
2021-05-11 17:00:00 6.687334 11.071745 10.633390
2021-05-10 17:00:00 10.654206 10.186757 10.679632
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.727938
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.648811
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.784577
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.865913

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 2.661208 4.541485 3.341146
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.277605
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.407332 3.414727
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 3.584138
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 3.748841
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 3.928724
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 4.169114

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 38.297872 13.090909 9.808812
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 9.309237
2021-05-10 17:00:00 1.568627 26.470588 9.448230
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 9.262162
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 8.983438
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.618913
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 8.328353

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 9.931998
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 10.376910
2021-05-10 17:00:00 9.677419 49.193548 10.254806
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 10.407388
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 10.762999
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 11.413646
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 12.097582

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 10.863997
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.891991
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.484664 10.666549
2021-05-09 17:00:00 13.665743 13.665743 10.690788
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.748534
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 10.961261
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 11.242291

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 24.164946
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 24.887819
2021-05-10 17:00:00 23.568702 7.947233 25.952416
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 26.476686
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 27.620321
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 28.631990
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 29.754471

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 4.456022
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 4.489377
2021-05-10 17:00:00 3.125000 3.125000 4.374010
2021-05-09 17:00:00 2.930005 2.930005 4.374348
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.437062
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.642066
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.779443

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.718476
2021-05-11 17:00:00 8.352018 8.352018 8.869080
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 9.032198
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.107431
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.264904
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 9.389628
2021-05-06 17:00:00 10.596844 10.596844 9.527446

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.947812
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.951527
2021-05-10 17:00:00 11.646489 11.646489 7.928735
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 8.124187
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 8.212871
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.317046
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.462786

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.575310
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.538203
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.389937 12.571523
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.585850
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.369125
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 12.301447
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 12.189195

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 14.072993
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 14.042315
2021-05-10 17:00:00 35.849057 9.793814 14.178567
2021-05-09 17:00:00 3.652968 10.502283 14.490255
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 15.357578
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 15.975086
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 16.950966

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 14.093256
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 14.597657
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.481142
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.559424
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 14.967540
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 15.348211
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 15.933701

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.746589 9.746589 7.641315
Basilicata 19.212598 19.212598 16.071910
Calabria 10.248902 10.248902 9.119336
Campania 7.444349 7.444349 7.976338
Emilia-Romagna 17.330609 17.330609 19.480261
Friuli Venezia Giulia 4.120879 4.120879 4.372625
Lazio 4.152726 4.152726 4.772272
Liguria 7.218576 7.218576 7.520414
Lombardia 7.611665 7.611665 8.069798
Marche 8.839354 8.839354 10.652313
Molise 2.661208 4.541485 3.341146
P.A. Bolzano 38.297872 13.090909 9.808812
P.A. Trento 7.497360 7.497360 9.931998
Piemonte 12.717713 12.717713 10.863997
Puglia 20.283641 20.283641 24.164946
Sardegna 4.221636 4.221636 4.456022
Sicilia 7.983691 7.983691 8.718476
Toscana 6.667565 6.667565 7.947812
Umbria 8.297414 8.297414 12.575310
Valle d'Aosta 14.743590 14.743590 14.072993
Veneto 13.288410 13.288410 14.093256

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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